А свое окно MVVM сделать не позволяет? Или речь идет о браузерном WPF?

Вопрос в том, почему бы не сделать обычное окно (Window), если это не браузерное приложение. И в каком смысле "лучше"? Отображение окна сообщения - довольно тривиальная задача, чтобы говорить о лучших практиках. Каждый делает, как ему удобнее.

Если формы для разных типов принципиально различаются, то да, лепить для каждого свою форму. Если они выглядят одинаково, можно справиться с помощью привязок.

Вам нужно создать класс, который будет содержать параметры сообщения - текст, тип, необходимые кнопки и т.п. - который будет передаваться в конструктор окна. Поскольку вид окна сообщения не меняется во времени, он может быть предельно простым, без NotifyPropertyChanged. Визуальные параметры окна связать со свойствами этого класса с помощью DataTrigger. А для переменного числа кнопок использовать ItemsControl.ItemTemplate

public enum MessageBoxType
    {
        Error,Warning,Information
    }

    public class MessageBoxParams
    {
        public string Text { get; set; }
        public MessageBoxType Type { get; set; }
        public string[] Buttons { get; set; }

        public MessageBoxParams(string text,MessageBoxType type,string[] butt)
        {
            Text = text; Type = type; Buttons = butt;
        }

        public MessageBoxParams()
        {
            Text = ""; Type = MessageBoxType.Information; Buttons = new string[] { "OK" };
        }
    }

Разметка окна:

<Window x:Class="WpfTestApp1.CoolMessageBox"
        xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation"
        xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml"
         Height="300" Width="399">
    <Window.Style>
        <Style TargetType="{x:Type Window}">
            <Setter Property="Title" Value="Предупреждение"/>
            <Style.Triggers>
                <DataTrigger Binding="{Binding Type}" Value="Error">
                    <Setter Property="Title" Value="Ошибка"/>
                </DataTrigger>
                <DataTrigger Binding="{Binding Type}" Value="Information">
                    <Setter Property="Title" Value="Информация"/>
                </DataTrigger>
            </Style.Triggers>
        </Style>
    </Window.Style>
    <Grid>
        <Grid.RowDefinitions>
            <RowDefinition Height="*"/>
            <RowDefinition Height="70"/>
        </Grid.RowDefinitions>
       <TextBlock  HorizontalAlignment="Stretch" Grid.Row="0" TextAlignment="Center" 
                   Name="textBlock1" Text="{Binding Path=Text}" VerticalAlignment="Stretch" >
        <TextBlock.Style>
        <Style TargetType="{x:Type TextBlock}">
            <Setter Property="Foreground" Value="Black"/>
            <Style.Triggers>                
                <DataTrigger Binding="{Binding Type}" Value="Error">
                    <Setter Property="Foreground" Value="Red"/>
                </DataTrigger>
                <DataTrigger Binding="{Binding Type}" Value="Information">
                    <Setter Property="Foreground" Value="Green"/>
                </DataTrigger>
            </Style.Triggers>
        </Style>
    </TextBlock.Style></TextBlock>

        <ItemsControl Name="items" Grid.Row="1" VerticalAlignment="Center" HorizontalAlignment="Center">

            <ItemsControl.ItemsPanel>
                <ItemsPanelTemplate>
                    <WrapPanel VerticalAlignment="Center" HorizontalAlignment="Center"/>
                </ItemsPanelTemplate>
            </ItemsControl.ItemsPanel>

            <ItemsControl.ItemTemplate>
                <DataTemplate>
                    <Button Content="{Binding Path=''}" Click="button1_Click"/>
                </DataTemplate>
            </ItemsControl.ItemTemplate>
        </ItemsControl>

    </Grid>
</Window>

Код окна:

public partial class CoolMessageBox : Window
    {
        MessageBoxParams pars;

        public string Result { get; set; }

        public CoolMessageBox(MessageBoxParams p)
        {
            InitializeComponent();
            pars = p;
            this.DataContext = pars;
            items.ItemsSource = pars.Buttons;
        }

        private void button1_Click(object sender, RoutedEventArgs e)
        {
            Result = (sender as Button).Content.ToString();
            this.Close();
        }
    }

Использование:

CoolMessageBox box = new CoolMessageBox(
                new MessageBoxParams("Ваше любимое животное?",
                    MessageBoxType.Information,
                    new string[]{"Собака","Кошка"}));
            box.ShowDialog();
            label1.Content = "Пользователь выбрал: "+box.Result;

Если среда не позволяет плодить окна - вместо Window использовать Popup + UserControl, но в остальном все также.