"Приложение открывает сайты рекламодателей , в основном окне приложения, тем самым нарушая указанные правила, на основании которых удалили мои приложения."

Я пока не понял, какова связь. Правило 10.1.1 говорит, что  веб-приложения должны размещаться владельцем домена или веб-сайта, но ничего не говорит о том, в каком окне открывать сайты рекламодатеделей, или я что-то упускаю? Вообще, как контролируется соблюдение этого правила? Если владельца домена можно получить из WHOIS, то как узнать владельца сайта, если он на общем хостинге?

Пробовали написать через ссылку Сообщить в Майкрософт об этом приложении на странице приложения? 

"Возможно под "веб-приложениями" подразумеваются приложения под Windows. Например есть сайт  facebook.com и есть приложение для Windows Facebook. Естественно , что опубликовать его может только сам Facebook. "

Приложение Microsoft Новости попадает в эту же категорию, это обертка для сайта MSN. Проблема в том, что часть рекламы, размещенной на стороннем сайте, оно открывает прямо в окне приложения. Лилия утверждает, что за то же самое ее приложение удалили из магазина, т.е. по правилам реклама должна открываться в новом окне браузера. Как по мне, довольно странное правило, но с другой стороны следовать ему было бы не так уж и трудно. 

"Веб приложение — клиент-серверное приложение, в котором клиент взаимодействует с веб-сервером при помощи браузера."

С этим я не спорю. Я лишь пытаюсь сказать, что Microsoft Новости является, также как и клиент Facebook, Вконтакте, является оберткой для сайта. Оно просто открывает WebView с содержимым сайта a.msn.com и добавляет вокруг несколько панелей для удобства навигации. То есть под категорию "Products submitted as web apps" оно вроде подходит, хоть технически это и приложение для Windows