В заблоченном RDP сеансе SendKeys естественно не работает, т.к. ввод пользователя заблокирован. Вам нужно запускать программу в консольном сеансе, т.е. подключить к серверу монитор и клавиатуру, войти в систему локально, запустить ваше приложение, выключить монитор и уйти. Альтернативный вариант - преобразовать RDP сеанс в консольный через команду tscon.exe 0 /dest:console

Не знаю, не пробовал на практике. Попробуйте как предложено здесь: http://stackoverflow.com/questions/19269954/sendkeys-sendwait-permission-denied-error-when-rdp-is-closed, вызвать tscon несколько раз. Хотя я не знаю, почему они предлагают так делать.