Точность функции GetSystemTimeAsFileTime нигде не документирована, поэтому сказать определенно, какой она должна быть, и почему она изменяется таким образом, невозможно. Согласно Raymond Chen,  она использует системный таймер, и поэтому на ее точность должна оказывать влияние функция timeBeginPeriod (т.е, по умолчанию ~10 мс, вызов timeBeginPeriod(1); должен изменить до 1 мс, если такая точность конечно вообще поддерживается - это можно проверить с помощью timeGetDevCaps). У меня как ни крути, ваш тест показывает "999 quanta per second".