Ну, для начала ее надо конвертнуть в формат, с которым можно работать. Для вас это наверное RGBA8. Потом получить доступ к буферу данных и работать с ним как с массивом:

using System.Runtime.InteropServices.WindowsRuntime;
...

SoftwareBitmap soft=SoftwareBitmap.Convert(source,BitmapPixelFormat.Rgba8);
byte [] imageBytes = new byte[4*soft.PixelWidth*soft.PixelHeight];
soft.CopyToBuffer(imageBytes.AsBuffer());
for(int i=0;i<soft.PixelWidth*soft.PixelHeight;i++){
	if(imageBytes[i * 4]>0 && imageBytes[(i * 4)+1]==0 && imageBytes[(i * 4)+2]==0)//красный пиксель
}