В РФ и многих других странах нельзя получить патент на программное обеспечение (хотя, скорее всего, можно получить патент на информационную систему, включающую ее). Возможно,  вы путаете патент и авторское свидетельство. Так или иначе, использование windows.h не является препятствием ни для того, ни для другого.