Это вещи слишком разного порядка, чтобы сравнивать. 

SQLite - встраиваемая однопользовательская СУБД без каких-либо возможностей управления доступом (однопользовательская в том смысле, что только одно приложение может одновременно работать с БД на запись). По сути, просто красивый способ работать с файлом с помощью SQL-запросов. SQL Server - пакет ПО, содержащий очень много всего: клиент-серверный движок, встраиваемый движок (SQL Compact), нечто среднее между ними (LocalDB), GUI для администрирования всего этого, средства аналитики и др. Сравнивать их в целом не имеет смысла.

Если же сравнивать SQLite с аналогичным подмножеством SQL Server (SQL Compact / LocalDB), на мой взгляд, особых преимуществ нет. Тут он скорее проигрывает SQLite (или даже MS Access) из-за сложности развертывания и настройки. 

См. например здесь: https://stackoverflow.com/a/4539621/8674428