>Так собственно в чем проблема включить dll внутрь exe для win проекта?

Так ведь это вроде уже реализовано? dotnet publish -r win-x86 --self-contained=false /p:PublishSingleFile=true

Просто такой подход не равнозначен тому, что было в .NET Framework. Здесь полученный файл будет обычным самораспаковывающимся архивом, который извлекается во временную папку при первом запуске. В .NET Framework был нормальный EXE файл, при этом поддержка со стороны загрузчика не была обязательной, насколько я помню. Для запуска на старых версиях добавлялась минимальная точка входа, которая определяла наличие CLR и загружала ее. То есть если цель темы в том, чтобы поныть, как раньше было лучше, вы попали в точку.