Если вызывать в командной строке, можно так: 

msbuild -t:Clean;Build MyProject.vcxproj

А вот в студии не нашел, как заставить ее автоматически выполнять Clean перед Build. DefaultTargets не учитывается... Впрочем, можно просто нажимать "Пересобрать".

>банальный апдейт ветки разработки

Речь о системе контроля версий? Можно игнорировать бинарные файлы в системе контроля версий, тогда проблемы не будет.