"Я так понял в ссылках проекта не указана какая-то COM библиотека?"

Нет, причина в другом. JRO.JetEngine (как и многие другие COM API времен Windows 2000) существует только в 32-разрядном исполнении. Вы же пытаетесь обратиться к нему из 64-разрядного приложения, и его не находит. Какая тут связь с Access 2010 Database Engine, я пока не понял. JRO - это, насколько я понимаю, библиотека именно старого Jet.

"А какие способы сжатия баз данных есть, которые будут работать в 64-разрядном приложении?"

Вот это может быть: https://docs.microsoft.com/ru-ru/office/client-developer/access/desktop-database-reference/dbengine-compactdatabase-method-dao ?

"Мне нужно после удаления всех записей с базы обнулить счетчик. Это реально сделать каким либо другим способом?"

Под счетчиком вы понимаете поле с автоинкрементом? Как вариант - пересоздать таблицы заново. 

По остальному - даже не знаю. Размер БД вряд ли напрямую связан со счетчиками. Как ведет себя размер БД при различных операциях, проще всего, я думаю, проверить экспериментально.

Можно завернуть этот функционал в отдельное 32-разрядное консольное приложение и вызывать его из WPF. Если вас интересует только сжатие, то даже особого механизма IPC делать не надо, достаточно вызывать из командной строки.