Директивы препроцессора в C++ и C# работают абсолютно по разному. В C++ можно написать #define TRUE FALSE и все полетит к черту. В c# они нужны только для обработки условий. Не скармливайте исходные тексты C# компилятору С++, напишите свой парсер. 

cl.exe - компилятор языка c++. Препроцессор - один из этапов компиляции. В с++ он имеет большое значение (и опасность, с точки зрения трудноуловимых ошибок), поэтому выделена возможность отдельного его запуска. В c# его возможности ограничены, поэтому такого не предусмотрели. 

Если от этого у вас зависит бизнес-процесс, лучше наверно потратить время и написать обработчик директив самому (или взять с open source реализаций C#).