Как вариант, открыть файл vcxproj в блокноте и добавить в него ссылку вручную:

<Reference Include="System.Windows.Forms" />

То, что отображается в окне добавления ссылок, берется из .NET Framework Developer Pack (файлы лежат в C:\Program Files (x86)\Reference assemblies). Возможно, нужно восстановить или переустановить его, чтобы они появились.

>Можно подробней как переустановить?

Проще всего, переустановив Visual Studio, я думаю. Если вам нужен именно 4.0, отдельный установщик Developer Pack уже непонятно, где достать. Для более новых версий его можно скачать здесь: https://dotnet.microsoft.com/download/visual-studio-sdks

>Что значит открыть файл vcxproj в блокноте? Прошу подробно. 

То и значит: найти файл с расширением vcxproj в вашем проекте, щелкнуть по нему правой кнопкой, выбрать "Открыть с помощью", выбрать в списке Блокнот (или любой другой текстовый редактор).